Sejak berdiri Universitas Trisakti pada tanggal 29 November 1965, Perpustakaan Universitas Trisakti sudah merupakan salah satu unit yang ada di dalamnya.
Pada tanggal 1 Oktober 1992, berdasarkan SK No. 161/USAKTI/SKR/X/1992 dibentuk Unit Pelaksana Teknis Perpustakaan yang dipimpin oleh Kepala Perpustakaan yang bertanggung jawab kepada Rektor melalui Pembantu Rektor I.
Selain menetapkan bagian-bagian pada UPT Perpustakaan, SK ini juga menyebutkan bahwa di fakultas ditempatkan petugas-petugas perpustakaan yang mengurus perpustakaan dosen dan merupakan tenaga penunjang dari SUB Bagian Pengolahan dan Pengadaan UPT Perpustakaan Universitas.
Pada 5 Oktober 1994 keluar keputusan Rektor Universitas Trisakti no. 176/USAKTI/SKR/X/1994 yang menyatakan bahwa perpustakaan fakultas diaktifkan kembali.
Kemudian pada tanggal 15 November 1995 keluar SK Rektor No. 203/USAKTI/SKR/IX/1995, bahwa ada penambahan SUb Unit Referensi pada UPT Perpustakaan Universitas.
Pada tanggal 29 Juli 1996 keluar SK Rektor No. 171/USAKTI/SKR/VII/1996 yang menyatakan bahwa UPT Perpustakaan dipimpin oleh seorang Kepala yang bertanggung jawab langsung kepada Rektor dibantu oleh Sekretaris Perpustakaan dan membawahi 4 Sub Unit, yaitu :

         1. Sub Unit Pelayanan Administrasi
         2. Sub Unit Pengolahan
         3. Sub Unit Pelayanan Pemakai
         4. Sub Unit Referens

Pada tanggal 9 Februari 1999 melalui SK Rektor No. 027/USAKTI/SKR/II/1999 ditetapkan bahwa Jabatan Sekretaris Perpustakaan ditiadakan.

Sampai saat ini Perpustakaan Universitas Trisakti merupakan Unit Pelaksana Teknis yang terdiri dari satu Perpustakaan Universitas, sembilan Perpustakaan Fakultas, dan satu Perpustakaan Pascasarjana.